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何を使用したバックアップを行うのでしょうか?
通常はEFS証明書はバックアップに含まれません。
EFS暗号化したファイルをバックアップしようとしているのでしょうから
含まれたらセキュリティも意味がなくなりますね。
おそらくセキュリティ機能「BitLockerドライブ暗号化」を設定ているのでしょうね。
バックアップを取るけど暗号化キーは含まないので自分で管理しなさいという意味です。
バックアップディスクに対しても紛失、盗難のリスクに対応している為です。
あなたの環境、行おうとしたことは回答しようとする人を含め
「誰にも」分からないし見ることができません。
可能な限り開示すればよい回答も付くでしょう。