harahara57さん、こんにちは。
Skype for business で「Windowsにログオンする時に自動的にアプリを起動する」のチェックを外しても、PC起動時に Skype for business が自動起動してしまうのですね。
こちらの記事が参考になるかもしれません。
■ Help request and/or rant: Skype for Business - STOP Autolaunch.
https://community.spiceworks.com/topic/1437176-help-request-and-or-rant-skype-for-business-stop-autolaunch
(※<Bing翻訳>などをご利用下さい。)
~Feb 18, 2018 Probiviriさんのコメント~
Go to Internet Explorer options and open the "Manage add-ons" applet. Disable the "Lynk Click to Call" and the "Lync Browser Helper" add-ons.
This stopped Skype for Business to load automatically to me.
インターネットエクスプローラーの「ツール」>「アドオンの管理」より、"Lynk Click to Call" と "Lync
Browser Helper"のアドオンを無効にしたところ、Skype for Business の自動起動が止まったとあります。