「Windows 8.1 (無料) に更新する」というポップアップが出ました。これは Microsoft からの通知ですか?

はい、これは Microsoft からの通知です。
Windows ストアを通じて Windows 8.1 への無料アップデートをダウンロードできることを知らせる通知です。

この通知が表示された場合、Windows 8.1 にアップデートすることもできますが、Windows 8.1 へアップデートせずに Windows 8 のまま使うこともできます。

初めてこの通知が表示された場合は、Windows 8.1 にアップデートする場合も Windows 8 のまま使う場合も [ストアにアクセスする] ボタンをタップまたはクリックして、まず Windows ストアを起動します。

Windows 8.1 にアップデートする場合

表示された Windows ストアアプリの 「Windows のアップデート」で、"無料で Windows 8.1 に更新" をタップあるいクリックしてして [ダウンロード] を選択します。

注意： Windows 8.1 に更新する前に、必ずお使いの PC メーカーの WEB サイトにて、Windows 8.1 アップデート情報をご確認ください。　詳細は <こちら> のページを参照してください。

Windows 8 のまま使用する場合

表示された Windows ストアアプリで、画面の上部から下部へスワイプして、いったん Windows ストアアプリを終了します。

(マウスまたはタッチパッドで操作する場合は、ストアアプリ画面の上部にポインターを合わせ、ポインターのアイコンが手の形に変わったことを確認してから、画面下部へドラッグします。)

2 回目以降に表示される通知には、[後で通知する] ボタンが表示されます。引き続き Windows 8 を利用する場合は、表示される通知の [後で通知する] ボタンをタップまたはクリックします。

※ この通知が表示されない場合でも、お使いの OS が Windows 8 の場合、<ここ> のページの [更新プログラムの入手] をクリックして、無料で Windows 8.1 にアップデートできます。
Windows 8.1 は新しい機能が利用でき、動作が速く、Windows をより簡単に使えるようになりました。
Windows 8.1 に関する詳細は、<こちら> のページを参照してください。

Windows 8.1 の更新通知を表示させない場合は、<こちら> のページを参照してください。