sara.3922 さん、こんにちは。
マイクロソフト コミュニティをご利用いただき、ありがとうございます。
いくつか Excel ブックを開いている状態で、ドキュメントから新しいブックを開くと最小化している Excel ブックすべてが開いてしまうということでよいでしょうか ?
手元の Excel 2013 で動作を確かめてみたところ、すべてのファイルは開くような動作にはならなかったですが、最小化にしていた別のブックが同時に開くような動作になりました。
(Windows8 + Excel 2013 環境でも同じ動作でした)
この動作について、インスタンスを変更して開いてみるといった方法で回避できないか試してみたのですが、よい回避方法は見つからなかったです。。
想定されている回避策とは違うかもしれないですが、新しく Excel 2013 を起動させ、 [最近使用したファイル] から別のファイルを開くようにしてみてはいかがでしょう。
Excel ブックが開いている状態で、タスク バーにある Excel 2013 のアイコンを右クリックします。
[Excel 2013] を Alt キーを押したまま起動すると [新しく別の Excel を起動しますか ?] のメッセージが出るので、 [はい] を選択します。
Excel のバック ステージ ビューの左横の [最近使用したファイル] の一覧から対象のファイルを開くという方法です。
また、過去に作成された古いファイルを開かれる場合は、 [最近使用したファイル] の一番下にある [他のブックを開く] から開く方法も良いと思います。
こちらの方法であれば、別のファイルが同時に開いてしまうという動作は見られなかったので、もしよろしければ参考にしてみてください。
もし、この動作について別の回避方法など情報をお持ちの方がもしいらっしゃいましたら、こちらのスレッドへの情報提供をお願いします。