参照項目と新しい情報ありがとうございます。
しかし、ひと通り試してみましたがエラーは直りませんでした。
本来あるファイルがなかったり、破片みたいなのは残っていたりしてるみたいなので、それがアンインストールできないのが原因な気はします。
(特にレジストリの当たり)
あと同じタイミングだと思うのですが、Microsoft Visual C++ も壊れて(?)いました。
(起動しようとした時、「Windowが生成できません」みたいな事を言われました)
しかしこのソフトは再インストールですぐに使えるようになりました。
<以下、参考を試した結果です>
Windows Installer 4.5 Redistributable のインストール】
・WindowsServer2003-KB942288-v4-x86.exe
・WindowsXP-KB942288-v3-x86.exe
・Windows6.0-KB942288-v2-x86.msu
3つとも「お使いのコンピュータにご使用できません」または
「使用できません」と出ました。
【WindowsUpdateAgent30-x86.exe のインストール】
UpdateAgentのインストールはできましたが、MSE本体が消えているので
updateしてもwindowsupdateやMSEセットアップはエラーでした。
という結果でした。